Alta du Toitskool se struktuur verskil grootliks van dié van hoofstroomskole: daar is GEEN standerds/grade nie, GEEN toetse nie en ook GEEN eksamens nie. Die skool is in vier fases verdeel. Leerders vorder na 'n volgende fase met inagneming van ouderdom, emosionele ontwikkeling en vordering.

Klem word in onderrig gelê op selfversorging, sosiaal aanvaarbare gedrag en kommunikasie. Leerlinge wat oor die vaardighede beskik leer ook om te lees, skryf en reken. Oor die algemeen is die doel van die onderrig om leerders toe te rus vir die alledaagse lewe.